Vor ca. 100-120.000 Jahren war die Isar ein Schmelzwasserausfluss des in Urzeiten entstandenen Isar-Loisach-Gletschers während der Würm-Eiszeit. In dieser Kaltzeit floss die Isar bei Gaißach (Nähe Bad Tölz) nach Nordosten, etwa in Richtung Holzkirchen und mündete nördlich von München bei Moosburg in die Loisach. Erst ein Durchbruch ca. 13.000 Jahre vor Chr., verursacht durch eine Bodenhebung ("Molasse-Spiegel") sorgte für eine geänderte Fließrichtung nach Norden, wo sie am Ende des Würm-Glazials in den Wolfratshauser See mündete, den sie aber im weiteren Verlauf zum Verlanden brachte.
Ihren Namen bezog die Isar (wahrscheinlich) aus dem indogermanischen Begriff "es" oder "is", was soviel wie "fließendes Wasser" bedeutete. Diese Wortwurzel ist auch in anderen Sprachregionen zu finden, etwa die franz. "Yser" oder "Isére", im österreichischen "Isel", dem niederländischen "Ijssel", dem belgischen "Ijzer" oder dem ital. "Isarco", bzw. "Eisack" im italienischen Südtirol.
Die knapp 300km lange Isar entspringt im Tiroler Teil des Karwendelgebirges, überquert die deutsche Grenze über Scharnitz und Mittenwald, fließt durch den Isarwinkel bei Lenggries und im Mittellauf dann Bad Tölz, über Geretsried, München, Freising und Moosburg, über Landshut nach Niederbayern, bevor sie bei Deggendorf in die Donau mündet. Leider zeigt sie ihr unberührtes, sich nach jedem Hochwasser ändernde Flussbett nur mehr am Oberlauf bis Bad Tölz, wo sie mit ihrem glasklaren Wasser als beliebtes Freibad von Jung und Alt aus den umliegenden Dörfern genutzt wird.
Als Isarquelle gilt neben einiger kleiner Bäche der längste, der sog. "Lafatscher Bach", unweit des Gebietes von Absam/Tirol. Er entspringt östlich, oberhalb des Hallerangerhaus und fließt erst nördlich des Kleinen u. Großen Lafatscher, dann westwärts Richtung Hinterautal und vereint sich schlußendlich mit dem Birkkarbach südlich der Birkkarspitze.
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